Ptukhin sinh ngày 3 tháng 3 năm 1902 trong một gia đình người Nga ở Yalta. Vào thời điểm đó, cha ông là một nhân viên bưu điện, nhưng gia đình chuyển đến Moskva vào năm 1905 sau khi cha ông nhận được công việc quản lý một chuồng ngựa. Lớn lên ở Moskva, Yevgeny đã học hết bậc tiểu học trước khi đăng ký vào một trường kỹ thuật ở Rozhdestvenka. Tuy nhiên, ông phải từ bỏ việc học vào năm 1914 sau khi sức khỏe của cha ông suy giảm và anh trai ông phải nhập ngũ, buộc ông phải bắt đầu làm việc để chăm sóc gia đình. Ông đã làm nhiều công việc khác nhau, bao gồm làm khuân vác cho các nhà ga xe lửa, nhân viên giao báo và điện thoại viên, trước khi gia nhập Hồng quân để theo đuổi sự nghiệp hàng không quân sự. Ban đầu bị Hồng quân từ chối vì còn quá trẻ, ông đã khai man về tuổi của mình, khẳng định mình lớn hơn hai tuổi để được chấp nhận khi tái nộp đơn.[1] [2]